南水北調(diào)工程管理司

承擔實施最嚴格水資源管理制度相關(guān)工作，組織實施（）、水資源論證等制度，指導(dǎo)開展水資源有償使用工作。

負責(zé)重大涉水違法事件的查處，協(xié)調(diào)和仲裁跨省、自治區(qū)、直轄市水事糾紛，指導(dǎo)（）和（）。依法負責(zé)水利行業(yè)安全生產(chǎn)工作，組織指導(dǎo)水庫、水電站大壩、農(nóng)村水電站的安全監(jiān)管。指導(dǎo)水利建設(shè)市場的監(jiān)督管理，組織實施水利工程建設(shè)的監(jiān)督。

調(diào)水管理司

水旱災(zāi)害防御司

三峽工程管理司

農(nóng)村水利水電司

負責(zé)機關(guān)日常運轉(zhuǎn)工作，承擔信息、安全、保密、信訪、（）等工作。

指導(dǎo)（）組織指導(dǎo)水利基礎(chǔ)設(shè)施網(wǎng)絡(luò)建設(shè)。指導(dǎo)重要江河湖泊及河口的治理、開發(fā)和保護。指導(dǎo)河湖水生態(tài)保護與修復(fù)、河湖生態(tài)流量水量管理以及河湖水系連通工作。

擬訂水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，組織實施水土流失的（）并定期公告。負責(zé)建設(shè)項目水土保持監(jiān)督管理工作，指導(dǎo)國家重點水土保持建設(shè)項目的實施。